Publié le 17/12/2019

La science de la vie à l’échelle minimale, ou plus communément appelée microbiologie, évolue elle aussi en fonction des technologies de plus en plus pointues permettant de la discerner, de la disséquer plus profondément. C’est ainsi qu’à l’heure actuelle, l’étude de la microbiologie reconsidère sa propre évolution.

Nous expérimentons tous la vie, certains l’encensent, d’autres la subissent. Avant de la perdre, nous choisissons d’en profiter ou a contrario de la perturber, de l’ensemencer de bonnes ou mauvaises graines. Le milieu de la vie est immensément riche. De l’échelle gigantesque à la partie infinitésimale, les différents éléments qui le composent l’influent, positivement ou non. Ces éléments peuvent être symbiotiques, parasitaires ou épiphytes. Les études de la vie ont démontré l’influence de l’homme et de ses recherches sur son milieu. La science de la vie à l’échelle minimale, ou plus communément appelée microbiologie, évolue elle aussi en fonction des technologies de plus en plus pointues permettant de la discerner, de la disséquer plus profondément. C’est ainsi qu’à l’heure actuelle, l’étude de la microbiologie reconsidère sa propre évolution. Nous ne parlerons plus de microbes mais plutôt de microflore afin de caractériser les populations microbiennes. Nous ne parlerons plus des effets d’un individu sur une population mais plutôt de l’effet de la population sur cet individu. La microbiologie de demain veillera davantage à matérialiser la fonctionnalité de la microflore plutôt que de paramétrer une souche microbienne isolée. Il est facile de comprendre qu’un élu ne peut pas tout chambouler à lui seul tant il existe des interactions complexes au sein même de sa région, sa communauté, sa société, son milieu de vie. La politique microbienne fonctionne de manière similaire. La complexité de ses interactions influencera de manière plus ou moins forte chaque individu. Les paramètres intrinsèques de chacun se développeront plus favorablement, ou au contraire avec plus de difficultés, que son milieu environnant soit plutôt basique qu’acide, chaud ou froid ou encore conditionné sous atmosphère protectrice ou non. 

Les gens composent la société, les microorganismes composent leur microbiote.  Les propriétés des microorganismes dépendent d’interactions complexes existant entre eux, rendant la connaissance de leur écosystème essentielle en vue de comprendre l’équilibre entre les différentes flores composant ce milieu, ce produit. Ces interactions visant l’équilibre engendreront une plus grande stabilité du produit, une péremption prolongée et donc un intérêt économique pour nos entreprises ainsi qu’une réduction des menaces sanitaires chers à nos élus.    

Les épidémies de l’histoire nous ont montré l’importance de définir et comprendre la vie microbienne. Les relations de cause à effet incluant le facteur de l’hygiène nous sont par exemple maintenant parfaitement familières. La maîtrise des micro-organismes de nos aliments est salvatrice, salutaire pour éviter la prolifération des micro-organismes altérants et les toxi-infections d’origine alimentaire.  A ce jour, les études ont montré et quantifié l’importance d’un agent pathogène dans son environnement. C’est ainsi que le Règlement (CE) n° 2073/2005 concernant les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires légifère quant à la présence acceptée ou non d’un microorganisme dans telle ou telle denrée alimentaire. A titre d’exemple, ce texte nous précise l’absence de Listeria monocytogenes dans les denrées alimentaires prêtes à être consommées par les nourrissons, l’absence de Salmonella dans 25 grammes de viande de volaille destinée à être consommée cuite ou encore la présence maximale de 1000 unités formant colonie d’E. coli par gramme de fromage au lait traité thermiquement.

N’oublions pas que notre sensibilité aux maladies bactériennes ne dépend pas uniquement de la toxicité de l’agent pathogène mais aussi de la microflore de l’aliment et celle de notre tube digestif. C’est dans ce sens que les nouvelles études démontrent toute l’importance de connaître la fonctionnalité liée à la microflore afin de caractériser plus largement les populations microbiennes.

Techniquement, les outils évoluent aussi. Cette reconsidération du monde microbiologique ne serait d’ailleurs pas possible sans ces avancées technologiques. Depuis le microscope aux boîtes de Pétri, en passant par les procédés développés par Louis Pasteur, les méthodes de détection et de quantification des bactéries évoluent aujourd’hui vers la métagénomique ciblée permettant grâce aux méthodes de séquençage d’ADN à haut débit, de se focaliser sur un seul gène codant parmi l’ensemble de la flore microbienne.  Autrement dit, cette technique révolutionnaire permet de réaliser jusqu’à 50.000 identifications par échantillon et traiter pas moins de 400 échantillons simultanément. Ce séquençage à haut débit permet donc de connaître en quelques jours seulement la composition des écosystèmes microbiens. Par rapport aux méthodes de cultures traditionnelles qui permettaient la détection et le dénombrement d’une seule population microbienne à la fois, le pas en avant est considérable et porteur d’avenir.  Ces nouvelles générations d’appareillages sont non seulement plus efficaces mais aussi beaucoup plus rapides.  Devant cet immense quantité d’informations à traiter, la caractérisation de flores microbiennes ne pourra se faire sans des capacités d’analyse bioinformatique plus conséquentes et le développement de bases de données pertinentes.

Le potentiel de ces méthodes d’analyse nouvelle génération est énorme. Ainsi, on pourra l’appliquer dans le domaine de l’authenticité des produits aussi appelée appellation d’origine protégée. Les chercheurs imaginent aussi son influence dans le développement des produits réfrigérés à qualité microbiologique maîtrisée jusqu’à la date limite de consommation de la denrée alimentaire. Ce séquençage haut débit permettra certainement de mieux comprendre les probiotiques et leurs effets bénéfiques sur la santé de la microflore digestive de chacun de nous. Les nouvelles approches de maîtrise de la flore microbienne des aliments seront capables de sélectionner et favoriser les flores compétitives adéquates pour protéger toutes les catégories d’aliments périssables contre leur propre dégradation.

L’avenir de la microbiologie n’est plus à la détection et au dénombrement d’une partie des microorganismes mais bien à l’étude de l’ensemble des écosystèmes dans les différents environnements.

Benoît Meurisse
BFSO Administrateur

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